Mescit, Atpazarı semtinde ve Valide-i Atik Çeşmesi Sokağı, Toptaşı Caddesi ve Büyük Selim Paşa Caddesi'nin birleştiği meydanda idi. Bugün mevcut olmayan bu fevkânî yapının altındaki kemerden Toptaşı Caddesi geçiyordu. Bundan dolayı mabet, 'Kemerli Cami' veya 'Kemer Altı Camii' adıyla da anılırdı. Camiin sol tarafında, yine aynı kimse tarafından yaptırılan 998 (1589-90) tarihli çeşme ve ön tarafında, Valide-i Atik Çeşmesi Sokağı'nın solunda ise ağanın aynı tarihte inşa ettirdiğ i sıbyan mektebi bulunmaktadır. Hadîka'da şu bilgi bulunmaktadır: "Bu dahi fevkânîdir. Bânisi, Darü's-saâde Ağası Mehmet Ağa'dır ki, İstanbul'da Çarşamba Pazarı yakınında bir camii ve türbesi dahi olup 999 (1590-91) tarihinde vefat ederek türbesinde medfundur. Bu mescit yakınında bir çeşmesi dahi vardır. Valide-i Atik imamlarından Mustafa Efendi minberini koymuştur." Mehmet Ağa'nın Yeni Çeşme diye bilinen bir mescidi ve bir de çeşmesi vardır. (Bu eserler bahsine bakınız.) Mir'at-i İstanbul adlı eserin sahibi Mehmet Raif Bey; "Kemeraltı Camii denmekle ma'ruf camiin altında bulunan çeşme üzerinde mahkuk kitâbe budur" dediğine göre cami 1888 tarihlerinde mevcuttu. Dörtyol olan ve önündeki küçük meydanda çok eskiden beri Atpazarı kurulan bu mabet, Toptaşı Tımarhanesi'nin büyütülmesi sırasında 1915 senelerinde, yolun genişletilmesi bahanesiyle yıktırılmıştır. (Resim: At Pazarı semti. Mehmet Ağa Mescidi bu meydanda bulunuyordu.)