Sarayın ismi, Mimar Sinan'ın eserlerini beyan eden Tuhfetü'l-Mimarîn adlı eserde "Saray-ı Mehmed Paşa Nişancı der Üsküdar" diye kayıtlıdır. Kara ve Boyalı lâkablarıyla anılan Mehmed Paşa, muhtelif tarihlerde üç defa Nişancı olmuştur. Türbesindeki kitâbeye göre, 1001 Ramazanı'nda (1593 Haziranı sonları) vefat etti. İstanbul'da Fatih Camii ile Karagümrük arasında ve Nişanca Caddesi üzerinde cami, medrese, türbe ve tekkesi vardır.